Mit Sicherheit kann angenommen werden, dass Höckelheim eines der ältesten Dörfer im Umkreis der Stadt Northeim ist. Die Geschichte des Dorfes ist mit der des Klosters Höckelheim eng verbunden, wenn auch das Dorf schon mehrere Jahrhunderte bestanden hat, ehe 1247 hier ein Kloster gegründet wurde. Es ist sehr wahrscheinlich, dass Ort und Name "Höckelheim" über 1000 Jahre alt sind. "Hukilhem", "Höckelen" und andere Namensformen kommen vor. Ursprünglich war Höckelheim eines der Erbgüter des sächsisch-widukindschen Hauses, eines Zweiges der Immedinger, deren Stammsitz Imbshausen gewesen ist. Höckelheim wird urkundlich 1016 zum ersten Male erwähnt. Durch eine Schenkungsurkunde des Kaisers Heinrich II. kam das damals schon bekannte Grundbesitztum Höckelheim zum Bistum Paderborn, dessen Bischof Meinwerk ein Verwandter des Kaisers war.

Die nun folgende Geschichte der Hofhaltung Höckelheim liegt bis zum Jahre 1247, dem Gründungsjahr des Klosters, weitgehend im Dunkel, da Urkunden nicht vorhanden sind. Wahrscheinlich kam das Erbgut aber noch im 11. Jahrhundert in den Besitz eines Adelsgeschlechtes (vermutlich Verwandten der Immedinger), das sich "Herren von Höckelheim", später "Edle von Höckelheim" oder auch "Edle von Plesse" nannte. Interessant und wichtig erscheint die Tatsache, dass eben schon vor der Gründung des Klosters um den Adelshof herum ein ansehnliches Dorf existierte. Pastor Max (1828-1836 in Höckelheim) sagt in seiner Geschichte des Klosters Höckelheim: "Die Dorfschaft Höckelheim scheint vor der Stiftung des Klosters von bedeutenderem Umfange gewesen zu sein als nach derselben." Das Dorf besaß schon um 1200 eine Kirche; denn im Jahre 1208 wird ein "Henrich sacerdos (Priester) in Höckelen" erwähnt. So hat dieses Dorf eine alte kirchliche Tradition, die dann durch die Klostergründung natürlich noch wesentlich ausgebaut wurde. Im Jahre 1247 stifteten die Edelherren von Plesse in Höckelheim ein Kloster, in das der Konvent der Zisterzienser-Nonnen aus dem Kloster Voremberg bei Hameln einzog. In weltlichen Dingen (Gerichtsbarkeit, Angaben verschiedener Art) unterstand das Kloster der Plesse-Herrschaft.

Die Klosterkirche diente den Herren der Plesse als Erbbegräbnisstätte. In den ersten hundert Jahren nach seiner Stiftung kam das Kloster Höckelheim durch reichliche Schenkungen und Landverkäufe seiner Stifter zu großem Reichtum, der aber nicht lange anhielt. Auch das Kloster Höckelheim wurde nicht von dem Verfall verschont, der eigentlich alle Klöster im Laufe des 15. Jahrhunderts ereilte. Durch den Verfall des Klosters ist es auch bedingt, dass aus dieser Zeit Angaben über Höckelheim sehr spärlich sind. Die alte Klosterkirche, von der noch ein Stein mit der Jahreszahl 1470 vorhanden ist, wurde bis 1780 benutzt. Erst 1794 wurde eine neue an derselben Stelle erbaut, die heutige Marienkirche. Im Jahre 1512 wurde auf dem St. Annenbüh (heute kurz "Büh" genannt) die St. Annenkapelle errichtet, zur Ehre der Heiligen Anna, der Mutter der Gottesmutter Maria. Diese Kapelle soll 1812 noch vorhanden gewesen sein, allerdings in völlig verfallenem Zustande. Heute fehlt jede Spur von ihr.

Ein entscheidendes Datum in der Geschichte Höckelheims ist das Jahr 1534, als sich Dietrich III. von der Plesse der lutherischen Reformation anschloss. Er nahm das Kloster Höckelheim durch Einsetzen eines Amtmannes in eigene Verwaltung. Jedoch der Konvent der Nonnen wurde nicht aufgelöst. Höckelheim war von nun an ein evangelisches Nonnenkloster, dessen Vorsteherin den Titel "domina" (Herrin) führte. Mit dem Erlöschen des plesseschen Grafengeschlechtes 1571 fielen Kloster und Dorf Höckelheim an Hessen. Die Klostergebäude brannten 1770 völlig nieder. An die Stifter und Schirmherren des Klosters erinnert nur noch ein Stein mit der Jahreszahl 1526 und dem Bildnis der Jungfrau Maria mit dem Christuskind auf dem Halbmond stehend. Seit 1611 war Höckelheim reformiert. Der Form nach ist es bis 1887 reformiert geblieben, obwohl, 1828 ein lutherischer Prediger nach hier kam. Es war der schon erwähnte Pastor Max, der erste Chronist Höckelheims.

1708 bekam Höckelheim den ersten Lehrer, der wie viele seiner Nachfolger auch die Küsterdienste zu verrichten hatte.

Der lange Streit einiger Fürsten um Höckelheim fand erst ein Ende, als unter der Herrschaft Napoleons Höckelheim 1807 dem Königreich Westfalen einverleibt und dem Kanton Moringen, Leinedepartement, zugewiesen wurde. Mit dieser bis 1813 dauernden Fremdherrschaft waren harte Jahre für Höckelheim gekommen. So manche Privilegien, deren es sich aus früheren Jahren erfreute (Befreiung vom Militärdienst und Abgaben mancher Art), wurden aufgehoben. Dadurch gerieten viele Bewohner in finanzielle Not.

Nach dem Ende der napoleonischen Zeit wurden Höckelheim und die anderen hessischen Exklaven aus der plesseschen Herrschaft dem Königreich Hannover zugesprochen. Im Volksmunde sind die Höckelheimer noch lange die "blinden Hessen" geblieben.

Schwere Schäden wurden der Ortschaft durch große Brände zugefügt, davon allein zwei im Jahre 1811. Der erste war am 8. März, wobei die Häuserreihe vom alten Pfarrhaus (jetzt Haus Grothey, Torstraße 15) bis zur Mühle abbrannte. Der zweite Brand geschah am 18. Oktober, bei dem fast das ganze Dorf bis auf sieben Häuser ein Raub der Flammen wurde. Die Kirche war nur wenig beschädigt. Sie diente der Bevölkerung zunächst als Zufluchtsstätte. In der Nacht vom 2. auf den 3. Dezember 1859 brach wieder ein großer Brand aus, dem vier große Höfe mitten im Dorfe zum Opfer fielen. Die Besitzer Stille, Ewers und v. Werder bauten außerhalb des Dorfes an der Landstraße (heute B 241) wieder auf. Die Höfe von Stille und Falke kaufte der Maurermeister Binder und erwarb mit weiteren Ländereien seinem Besitztum 1876 das Prädikat eines Rittergutes (heute Klostergut II). Auf den Brandgrundstücken wurde 1869 von der Klosterkammer ein größeres Schulhaus und 1904 von der Gemeinde Höckelheim ein zweites errichtet. Letzteres steht heute noch. An die Stelle des ersteren, das 1957 abgerissen wurde, kam 1959 ein neues Schulgebäude mit vier Klassenräumen sowie Nebenräumen. Hier werden bis heute die Grundschuljahrgänge der Ortschaften Höckelheim, Hillerse und Bewartshausen unterrichtet. Auf das Schulgrundstück kam 1972 noch eine moderne Mehrzweckhalle, die wegen ihrer vielseitigen Verwendungsmöglichkeit für die Schule und die Dorfgemeinschaft von größtem Wert ist. Im Jahr 2014 wurde die Mehrzweckhalle durch ein Feuer zerstört, das Übergreifen des Feuers auf die Regenbogenschule und die benachbarten Häuser im Ortskern konnte verhindert werden. Im Februar 2016 begann der Neubau der Mehrzweckhalle, mit Mensa und der Schulerweiterung der Regenbogenschule Höckelheim.

Auf Anregung von Pastor Nöldeke baute die Gemeinde Höckelheim 1913 ein Jugendheim, in dem sich bis in die 1970er Jahre auch der Kindergarten befand, bevor auf dem Gelände dahinter ein eigenes Kindergartengebäude mit großem Außengelände geschaffen wurde. Das Jugendheim steht seitdem den kirchlichen Arbeitskreisen sowie dem Posaunenchor und dem Kirchenchor für ihre Arbeit zur Verfügung. Im Jahre 2011 wurde der dahinterliegende Kindergarten durch den Bau eines weiteren Gebäudes für die Kinderkrippe zur Kindertagesstätte. Mitte 2014 wurde das Betreuungsangebot um das Mittagessen für die Kinder erweitert.

Die Einwohnerzahl der Ortschaft Höckelheim, die im Jahre 1585 nur etwa 50 betrug (7 Haushalte und die Klosterinsassen), ist seitdem - abgesehen von kleinen Schwankungen - ständig angestiegen, da das Dorf allmählich wieder ein Bauerndorf wurde. Der Stadtphysikus Dr. Rüling aus Northeim nennt schon 1779 eine Zahl von 246 Einwohnern, die in 47 Haushalten leben. Die Anzahl der Wohnhäuser wird mit 49 angegeben. Außer 13 Handwerkern (5 Leineweber, 4 Schneider, 2 Schuster, 1 Tischler, 1 Müller) werden noch 10 Klostermeier (Pächter von Klosterland) erwähnt. Der überwiegende Teil der Bevölkerung waren wohl die Gutsarbeiter.

Das weitere Anwachsen der Einwohnerzahl sollen die weiteren Zahlen verdeutlichen: Sie stieg bis 1821 auf 352, bis 1875 auf 537, bis 1890 auf 569, bis 1910 auf 623, bis 1919 auf 709 und bis zum Beginn des 2. Weltkrieges auf 851 Einwohner. In den ersten Jahren nach dem Kriege stieg die Bevölkerungszahl durch den Zuzug der Vertriebenen auf 1203, bis 1948 sogar auf 1255. Der bisher höchste Stand wurde 1951 mit einer Zahl von 1277 Einwohnern erreicht. Strenge Wohnraumbewirtschaftung wurde unerlässlich. In der Schule gab es viele Jahre Schichtunterricht. Eine leichte Abwärtsbewegung in der Bevölkerungszahl setzte Mitte der 50er Jahre ein. 1960 zählte Höckelheim noch 1150 Einwohner; gegenwärtig beträgt die Einwohnerzahl 1177.

Die erwähnte Wandlung zum Bauerndorf hin hat in Höckelheim nur bis zum Jahre 1870 angehalten. Seitdem hat es diesen Charakter immer mehr verloren.

Durch den Sog der nahen Stadt Northeim, vor allem seines Bahnhofes, trat eine merkliche Berufsumschichtung in der Bevölkerung Höckelheims ein.

Viele Männer aus Höckelheim wurden Eisenbahner, andere fanden in Handwerks- und Industriebetrieben, im Behördendienst oder anderswo ihre Beschäftigung. Dieser Trend hält noch immer an, zumal die Zahl der weiblichen Berufstätigen ständig zunimmt. Viele Familien haben inzwischen eine Wohnung in der Stadt bekommen, viele Berufstätige sind "Pendler". Höckelheim ist längst kein Bauerndorf mehr.

Obwohl die Bindungen an die Stadt Northeim von Jahrzehnt zu Jahrzehnt immer enger geworden sind, hat die Vorortgemeinde Höckelheim ihre Eigenständigkeit doch nicht ganz verloren: Sie hat ihr eigenes reges Vereinsleben bewahrt. Schon vor der Jahrhundertwende gab es hier einige Vereine. Manche gingen wieder ein, manche haben sich weiterentwickelt und, sind heute durchaus beachtlich. Sehr aktiv ist die Freiwillige Feuerwehr, rührig ist auch der Krieger- und Schützenverein. Der Sportverein von 1919 mit einer starken Jugendabteilung kann sich vieler Erfolge rühmen. Vor allem aber sind die Höckelheimer auf ihre Fastnacht stolz. Die vier Fastnachtsvereine haben die "Höckelsche Fastnacht" weit über die Grenzen, des Kreises Northeim hinaus bekanntgemacht. Sie ist ein fester Band, das die Einwohner dieser Northeimer Ortschaft trotz aller Bindungen nach außen als Dorfgemeinschaft noch fest zusammenhält.

Als in den 1930er Jahren Wappen für die einzelnen Gemeinden des Kreises Northeim entworfen wurden, schuf man für Höckelheim ein Wappen, das auf Geschichte und Tradition dieses Ortes hinweisen sollte: Es stellt einen auf blauem Grund aufgerichteten Lebensbaum mit lilienartigen Endblumen dar, der mit einem liegenden goldenen Anker belegt ist. Der Lebensbaum ist ein bäuerliches Symbol. Die Heilige Maria, die als Patronin des Nonnenklosters Höckelheim genannt wird, hatte als Symbol die Lilie, das Symbol der Reinheit. Der Maueranker entstammt dem Wappen der Herrschaft Plesse.

(Quellenverweis: Internetseite der Stadt Northeim, Ortsteil Höckelheim)